Ihre erste Solo-LP erscheint ein Jahr später unter dem Titel „Joan Baez“ bei Vanguard Records. Das Nachfolgealbum „Joan Baez Vol. 2 (1961)“ erhält in den USA Goldstatus, genauso wie beide Teile von „Joan Baez In Concert“ von 1962. 1961 geht sie außerdem auf eine USA-Tournee und lernt dabei Bob Dylan kennen. Sie beginnt, seine Songs zu interpretieren und stellt ihn ihrem Publikum vor. Auch eine Liebesbeziehung der beiden lässt nicht lange auf sich warten.
1962, auf einer Tournee durch die Südstaaten, entschließt sich Joan Baez, nur noch dort aufzutreten, wo es keine Rassenschranken gibt. Somit bleiben ihr in den USA nur die schwarzen Universitäten. 1963 weigert sie sich, in Shows von ABC aufzutreten, da der Sender den linken Musiker Pete Seeger boykottiert.
Am 28. August 1963 singt sie auf dem Marsch nach Washington das später berühmte We Shall Overcome, das in den folgenden Jahren quasi zu ihrem sängerischen Markenzeichen wird.
Kontrovers aufgenommen wird 1963 ihr wegweisender, politischer Song „Birmingham Sunday“, der den Bombenanschlag vom 15. September `63 thematisiert, als Rassisten, als Hassreaktion auf das Birmingham Movement eine Explosion im Kindergottesdienst einer baptistischen Kirche verursachten, was vier kleine Mädchen das Leben kostete. Trotz Proteste der Plattenfirma blieben die vollständigen Namen der Opfer im Songtext.
In den 1960er-Jahren zahlt die viersprachige Sängerin, die mexikanische und schottische Wurzeln hat, und aus einer Quäkerfamile stammt, einen Großteil ihrer Lohnsteuer auf ein Sperrkonto, um den Vietnamkrieg nicht mitzufinanzieren, unterstützt das Free Speech Movement – eine für Meinungsfreiheit und gegen den Krieg in Vietnam eintretende Studentenorganisation – und nimmt an Ostermärschen in Deutschland teil. Nachdem sie während der Beteiligung an einer Blockade der Zufahrt zu einem Armeekomplex (am 16. Oktober 1967) zu einer Freiheitsstrafe von 10 Tagen verurteilt wird, werden alle ihre Platten aus den Stores in Europa entfernt.
Weiterhin ist sie Mitbegründerin der US-Abteilung von Amnesty International. 1967 verweigert ihr die konservative Frauenvereinigung „Daughters of the American Revolution“ einen Auftritt in der Constitution Hall, wie die Frauenvereinigung es 1939 bereits mit Marian Anderson (wegen deren Hautfarbe) getan hatte.
Im August 1975 erhält sie bei den ersten Rock Music Awards eine Auszeichnung für ihren Dienst an der Öffentlichkeit und wird außerdem mit einem Feiertag (Joan Baez Day, am 2. August 1975) in Atlanta geehrt.
Nachdem sie sich 1972 in einem Interview als bisexuell outet, gibt sie 1978 einige Benefizkonzerte um gegen die Proposition 6 vorzugehen, die es vorsieht, allen homosexuellen Lehrern den Unterricht an öffentlichen Schulen in Kalifornien zu verbieten.
Im selben Jahr beteiligt sie sich an Gedenkmärschen für den ermordeten Politiker Harvey Milk, der sich als Schwuler geoutet hatte. In Madrid singt sie 1977 nach dem Ende der Diktatur Francisco Francos unter anderem den Song We Shall Not Be Moved (spanisch No nos Moverán), der 40 Jahre lang in Spanien verboten gewesen war. Sie singt gegen Diktaturen und Militärputsche in Südamerika und gründet 1979 die Menschenrechtsorganisation „Humanitas International Human Rights Committee“, die sich um die Boatpeople kümmert.
Ihre Erfahrungen mit den Menschenrechtsverletzungen in Vietnam sind ein wesentlicher Auslöser zur Gründung dieser Organisation, deren Fokus auf dem Kampf gegen politische Unterdrückung liegt, und die weltweit rechte und kommunistische Diktaturen gleichermaßen anprangert. Sie ist auch Leiterin von „Humanitas International“, bis diese 1982 ihre Dienste einstellt.
In den 1980er-Jahren unterstützt sie die Friedensbewegung.
Sie tritt in Ländern auf, in denen man nicht auftritt (hinter dem eisernen Vorhang), verwendet sich für Organisationen für die man sich nicht verwendet (Greenpeace), und spricht Dinge aus, die man nicht ausspricht (Armut in den USA). Uneitles, unbestechliches, zutiefst persönliches Engagement und höchste künstlerische Integrität bestimmten ihre Karriere. Musikalisch reift sie, auch wenn ihre Stimme sich altersbedingt zu einem satten Alt entwickelt, was ihren beachtlichen sängerischen Fähigkeiten keinerlei Abbruch tut.
Sie reist 1981 nach Chile, Brasilen and Argentinien, jedoch wird sie in allen 3 Ländern gehindert aufzutreten, da man den Einfluss der bekannten linkenProtestsängerin fürchtet, von Geheimdiensten beobachtet, und erhält zahlreiche Todesdrohungen.
Sie spielt 1986 auf der von Amnesty International veranstalteten Tour Conspiracy of Hope, zusammen mit Sting, Peter Gabriel und anderen. Václav Havel bezeichnet sie als „entscheidenden Einfluss auf die samtene Revolution“ von 1989. Nach dem Tiananmen Massaker, 1989 in Peking schreibt und veröffentlicht sie den Song „China“, der die chinesische Regierung wegen des Massenmordes an friedlichen Studenten scharf anklagt. Bereits seit den frühen 90igern engagiert sie sich – unter Einsatz ihres gesamten Prestiges, politisch und mit Protesten, auch musikalischen Protesten, gegen die Todesstrafe, und setzt sich öffentlich für mindestens vier Gefangene konkret ein, an deren Schuld Zweifel bestehen.
Im Jahre 2003 gibt sie zusammen mit Steve Earle, Emmylou Harris und Billy Bragg Konzerte gegen den Einsatz von Landminen.
Sie gehört, nach dessen Wahl, zu den wenigen, prominenten Stimmen die sich öffentlich massiv gegen den Kurs der Bush Regierung stellen. Auch gegen den Irakkrieg meldet sie sich am 20./21. August 2005 zu Wort, als sie Cindy Sheehan, die Mutter eines getöteten Soldaten, bei ihrem Camp an der Zufahrt zu George Bushs Ranch besucht.
2009 nimmt sie eine modifizierte Version von „We Shall Overcome“ auf, in der sie einige Strophen auf Persisch singt, um die friedlichen Proteste der iranischen Opposition zu unterstützen. Sie postet den Song im Internet, um die Zielgruppe zu erreichen. Diese Version, unter der Hand als mp3 Datei verbreitet, dient den Widerständlern bis heute als eine Art Kampfeshymne. Außerdem ist sie bis heute eine Sponsorin des Zentralkomitees für Kriegsdienstverweigerer in den USA . Sie kämpft bis heute gegen die Todesstrafe in den USA.
Ihre Stimme war, ist und bleibt die Stimme der Zivilcourage unserer Zeit.
Und diese Stimme ist auch eine der Lautesten, Deutlichsten und Eindrücklichsten gegen die Regierung Donald Trumps, dem sie den Song „Nasty Man“ widmet.
Joan Baez gilt als eine der größten lebenden Singer/Songwriterinnen des 20. Jahrhunderts, aber auch als musikalisch brillante Interpretin der Sogs anderer Songwriter. Ihre exquisiten Coverversionen von Arbeiten der Beatles, der Rolling Stones, von Bob Dylan, Tim Hardin, Kris Kristofferson, Pete Seeger, Woody Guthrie, Paul Simon, Stevie Wonder & Leonard Cohen, Bette Middler, John Lennon und vieler anderer, setzen musikalische Maßstäbe . In ihrer über 53 Jahre andauernden Laufbahn gelang es ihr sich als Künstlerin stets weiterzuentwickeln, ohne sich von Trend, Massengeschmack und Chart – Hysterie verbiegen zu lassen.
Sie erhielt 7 Grammy Nominierungen zwischen 1963 und 2009, Acht Goldene Alben, zwei Ehredoktortitel für Menschenrechte, 2007 erhielt sie hochverdient den Grammy Award für ihr musikalisches und politisches Lebenswerk und 2011 den dann nach ihr benannten „Joan Baez Award“ für „outstanding inspirational service in the global fight for human rights“ verliehen durch Amnesty International, ebenso wie 2015 Amnesty’s höchsten Aktivisten-Preis den „Ambassador of Conscience Award“, 2017 folgte die Aufnahme in die Rock and Roll Hall of Fame.“